副本战斗是4399《英雄远征》中为高品质追求的玩家量身打造的重要系统，是实现玩家们自给自足，发展壮大的基础战地。从25级开始玩家就可以接受副本战斗，每升一级有资格进入新的副本，攻击相应等级副本中的BOSS可以获得相应等级的紫色装备，当然，这只是对4399《英雄远征》的四大常规副本而言，想无双，苍狼这样的野地据点BOSS是有较高概率掉落橙色最高品质的装备的。
25级副本，仅一层，掉落20级到30级紫色装备，有较大概率暴完美装备，此外，这个副本还掉落各职业的30级之前技能书。副本中五大BOSS，知名BOSS有陈胜吴广，这个副本也因此叫大夜袭大泽乡副本，游戏内称为大泽副本或25副本。
35副本，在副本区西部，由秋枫负责任务的领取和交待。副本掉落30级到40级装备。该副本也叫做机关洞副本，副本分两层，第一层两个BOSS，击杀两个BOSS就可以通上第二层。这个副本里路线比较复杂，不能长距离的分兵攻击，分兵后将不能获得经验和击杀数量共享。
机关洞副本第二层，有朱雀，青龙和公输班三大BOSS。
这是45级副本，也就是坠星楼副本的行军示意图，如果是做帮派任务和副本任务，注意不能分兵攻击，只能合并一处的将据点消灭。每天能进10次，可以自己组队，单刀直入，也可以与队友一起战斗，副本中的BOSS有群攻技能和控制技能。第二层只有一条通道，一个BOSS，示意图省略。
55级副本，赵轩掌门的密探地下皇陵副本。这里的怪相当变态，高攻，高防，高爆，高血量，是一座巅峰副本。第一层有4个BOSS，分别在四个方向的据点上，需要经过击杀小怪才能到达BOSS的领地。最后一个二流BOSS在该层中心，只有击杀全部小怪和一层的BOSS才能上二层只有一个BOSS。
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