《玉之魂》故事发生在遥远的云之大陆，这个神秘大陆的一切原动力来自于悬浮在大陆中央擎天山顶一块巨大神奇的石头【混沌之玉】，它聚集五行之气，汇日月精华，维系着整个大陆阴阳的平衡。 远古的人们在艰难的环境中繁衍发展 发现了混沌之玉蕴涵的巨大的力量，于是4399玉之魂围绕着神玉发生了一次又一次正义与邪恶的纷争...
【上人】乃人中豪杰。是4399玉之魂一个重要角色，作为一个上人，首先必须经过艰难的生存考验练就强健的体魄，通晓各类知识，并有着高尚的品德。他们历来都会到擎天山天宫集中，交流经历，著作书籍，和世人分享成果，另一方面，强强联手保护维系世间平衡的混沌之玉，以防落入坏人之手。
有光必有影，邪恶的信念总由心生。
上人历经磨难，上天不成，就下炼狱，从此便入了魔道，来到了4399玉之魂魔界，借助自己的强大法力很快成为了一方王者。然而心中对天宫的不满不曾断过，这点最终逼迫着他在弱肉强食的魔道中大开杀戒，用武力统一了魔界，自封号【煞】。
共入4399玉之魂释天门下的另外一人名【晓】，虽然没有煞那么天资聪颖，但他勤奋刻苦。在修炼和学习的过程中付出了更多的汗水和努力，相对于煞而言，师傅更喜欢晓稳重的姿态， 这就导致了煞与晓乃至和整个天宫组织的矛盾。煞偷玉未果被贬后，晓成为了释天最适合的接班人，掌握了高超武艺，通晓万事，最重要的是他悟彻了控制和掌握混沌之玉的方法。能运用玉的力量普济世人，得到了世人的赞赏和尊重。云历元年，煞带领魔军杀回世间，昏天暗地，民不聊生。最终，邪不胜正，晓助混沌之玉的力量将来势汹汹的煞一举击溃，天下太平。
战后的晓重修了天宫，设立了三院【天宫卫】【术院】以及【密组】，并将混沌之玉用护咒封存了起来，号召其他上人带领人们重建起家园。之后晓便不知去向。人们为了纪念他，将其奉为【光明大帝】，作为楷模一直被人们所瞻仰。
4399玉之魂从魔界至【苍轩】、【壶川】、【常夏】到【南罗】煞用了不到两个月的时间就带领魔军打到了擎天山下，千年的太平盛世，没有经历过战乱的人哪是煞的对手？世间的万物要么臣服，要么被杀，仿佛元年大战再现。可是，世间没有晓这样的领袖来对抗煞了，很快，天宫沦陷，神玉落入了煞的掌心。煞在天宫开启神坛，准备运用神玉之力实现他的野心，可是出乎他意料的事情发生了……当煞接触混沌之玉的瞬间，顿时！神玉崩裂。分为千万碎片飞向各处，洒落世间。
原来，晓当年已算到今后会有劫数，早就给混沌之玉下了碎玉咒，以防不测。此时，煞勃然大怒，坐帐擎天，指挥魔军四处搜集神玉碎片，欲复原混沌之玉。
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